INTRAGENOTYPIC DIVERSITY OF PORCINE ROTAVIRUS STRAINS CIRCULATING IN SÃO PAULO STATE, BRAZIL / Diversidade intra-genotípica de amostras de rotavírus suínas circulantes no Estado de São Paulo, Brasil.

Resumo

Com o objetivo de se determinar a diversidade intra-genotípica de rotavírus circulantes em criações de suínos de diferentes municípios localizados no Estado de São Paulo, Brasil, um total de 3 amostras de rotavírus pertencentes ao genotipo G[5] foram submetidas ao sequenciamento parcial do gene codificador da proteína VP7. Analogamente, outras 4 amostras P[6], tiveram o gene codificador da proteína VP4 parcialmente definidas. A identidade nucleotídica entre as amostras G[5] variou de 93,1% a 99,4%, e em termos de aminoácidos de 97,5% a 100%. Quanto ao genotipo P[6] as amostras variaram de 93% a 98,7% e 95 a 100% para as identidades de nucleotídeos e aminoácidos, respectivamente. Adicionalmente, inferências filogenéticas feitas a partir de aminoácidos, usando o critério de distância com algoritmo Neighbor-Joining e correção de Poisson como modelo de substituição, demonstraram que as amostras G[5] aqui definidas agruparam-se exclusivamente com amostras homólogas descritas previamente em suínos, enquanto que as P[6] demonstraram relacionamento tanto com amostras humanas e suínas. Em face destes achados, pode-se concluir que há uma heterogeneidade de amostras suínas de rotavírus circulantes nos rebanhos suínos do Estado de São Paulo pertencentes a um mesmo genotipo.

SUMMARY

In order to determine the intragenotypic diversity of rotaviruses circulating in pig farms located in different municipalities in São Paulo, Brazil, a total of three G[5] rotavirus samples were subjected to partial sequencing of the VP7-encoding gene. Similarly, another four P[6] samples had their VP4-encoding gene partially defined. The nucleotide identity among G[5] samples ranged from 93.1% to 99.4%, and in terms of amino acids, 97.5% to 100%. Regarding genotype P[6] samples varied among 93% to 98.7% and 95 to 100% for nucleotide and amino acid identities, respectively.  Besides, the amino acid-based phylogeny using Neighbor-Joining distance algorithm and Poisson correction as substitution model, demonstrated that samples G[5] defined herein grouped exclusively with homologous strains previously described in pigs while the P[6] demonstrated a relationship both with human and porcine rotavirus. In face of these findings, one may conclude that there is heterogeneity of porcine rotavirus strains circulating in pig herds in the State of São Paulo belonging to the same genotype.